Các nguyên tắc hoạt động của Đảng cũng chỉ rõ mọi hoạt động của các cơ quan, tổ chức, đoàn thể đều phải bảo đảm Nguyên tắc Tập trung - Dân chủ, đặc biệt trong sinh hoạt Đảng và trong hoạt động Quản lý hành chính Nhà nước.
Ở đây, rất cần chú ý phân biệt sự Tập trung độc đoán, Tập trung quan liêu với Tập trung dân chủ.
Do vậy, trong mọi hoạt động quản lý mang tính hành chính, bên cạnh việc phải chấp nhận “Độc quyền” thường ở dạng “Chế độ thủ trưởng” để bảo đảm tính chịu trách nhiệm cá nhân người quyết định, còn bảo đảm tính quyết đoán, tính kịp thời, tính thống nhất của hoạt động quản lý, nhưng nếu dừng ở đây và quá đề cao vai trò “trách nhiệm thủ trưởng” thì sẽ rơi vào sự “tập trung độc đoán, chuyên quyền”. Do đó, cũng cần phải tăng cường chia sẻ “Công khai thông tin” và tăng cường “Trách nhiệm giải trình, thuyết phục” để thực hiện tính dân chủ, bảo đảm tập hợp được trí tuệ tập thể, tăng cường tính công khai, minh bạch, công tâm trong các quyết định và bảo đảm sự quán triệt để hiểu rõ nội hàm, bản chất của quyết định, giúp người triển khai thực hiện quyết định của Thủ trưởng có trách nhiệm, hiệu quả hơn. Tuy nhiên, nếu việc gì Thủ trưởng cũng không dám quyết định, cần phải chờ ý kiến của tập thể, tập thể quyết định thế nào thì Thủ trưởng mới quyết định theo hướng đó, tức là không dám chịu trách nhiệm cá nhân, quá thiên về hướng “dân chủ” thì lại rơi vào “Tập trung quan liêu”.
Các quy định cụ thể về thực hiện dân chủ cơ sở và điều hòa mối quan hệ giữa “Tập trung” và “Dân chủ” trong thực hiện nguyên tắc “Tập trung dân chủ” đã được ban hành có Nghị quyết số 55/1998/NQ-UBTVQH10 ngày 30 tháng 8 năm 1998 của Uỷ ban thường vụ Quốc hội về việc ban hành Quy chế thực hiện dân chủ trong hoạt động của cơ quan; và Nghị định 71/1998/NĐ-CP ngày 08/9/1998.
Trên cơ sở các quy định đó và đảm bảo điều hành tốt các đơn vị, Bộ trưởng Bộ KH&CN đã ban hành các Quy chế Tổ chức & Hoạt động của các đơn vị trực thuộc trong Bộ, trong đó luôn bảo đảm nguyên tắc “Tập trung - Dân chủ” và thể hiện bằng quy định thành văn “làm việc theo chế độ thủ trưởng, kết hợp với bàn bạc tập thể”.
Tuy nhiên qua thực tế một số vụ việc mất đoàn kết nội bộ và qua thanh tra hành chính một số đơn vị trực thuộc Bộ, qua giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cáo cũng như tình trạng các đơn thư nặc danh trong thời gian qua cho thấy, sự kết hợp với bàn bạc tập thể ở nhiều đơn vị rất hình thức và chưa được quan tâm thực hiện đúng mức, mà thực chất là vi phạm quy chế dân chủ cơ sở và vi phạm nguyên tắc Tập trung dân chủ, dẫn đến nguy cơ mất đoàn kết (hoặc đã mất đoàn kết xảy ra) và thậm chí có dấu hiệu tham nhũng.
Từ đây có thể rút ra bài học chung cho các đơn vị, mà thực chất là thủ trưởng các đơn vị cần thực hiện tốt “nguyên tắc tập trung - dân chủ”, bảo đảm hài hòa giữa “chế độ thủ trưởng” và kết hợp với “bàn bạc tập thể”. Do đó cần tăng cường “Tổ chức bàn bạc tập thể” và thậm chí có thể “tổ chức bàn bạc tập thể diện rộng công khai trong cả đơn vị” để bảo đảm thực hiện đúng Quy chế Tổ chức và hoạt động của đơn vị, thực hiện tốt Quy chế dân chủ cơ sở và bảo đảm được nguyên tắc Tập trung dân chủ thì bảo đảm đoàn kết trong đơn vị, bảo đảm phát huy tốt nguồn lực đã có của đơn vị, phát huy được sức mạnh tập thể để tập trung hoàn thành tốt nhiệm vụ theo chức năng, nhiệm vụ chính trị của đơn vị được giao và phòng chống tham nhũng tốt.