Nguyên tắc chung lựa chọn nhiệm vụ gồm: Nhiệm vụ đáp ứng quy định tương ứng tại các khoản 1, 2 Điều 3 của Thông tư này; Mục tiêu rõ ràng, cụ thể và có tác động tích cực đến tăng trưởng giao dịch công nghệ, phát triển thị trường KH&CN; Ưu tiên các nhiệm vụ đáp ứng nhu cầu phát triển đối với một số lĩnh vực, ngành hàng xuất khẩu chủ lực; khuyến khích thực hiện các nhiệm vụ nhằm thương mại hóa, đưa nhanh kết quả nghiên cứu, tài sản trí tuệ được tạo ra từ ngân sách nhà nước vào sản xuất, kinh doanh; Tổ chức chủ trì phải có đủ năng lực chuyên môn, cơ sở vật chất, tài chính hoặc chứng minh được khả năng huy động các nguồn lực khác từ bên ngoài phù hợp thực hiện nhiệm vụ.
Về nhiệm vụ hoàn thiện môi trường pháp lý hỗ trợ phát triển thị trường KH&CN, ưu tiên nghiên cứu kinh nghiệm của các nước trên thế giới, rà soát tổng thể các khó khăn, điểm nghẽn về thể chế, cơ chế, chính sách và đề xuất các giải pháp phù hợp, phương án điều chỉnh, bổ sung, tháo gỡ các rào cản, hoàn thiện hệ thống chính sách pháp luật để thị trường KH&CN phát triển đồng bộ, hiệu quả, hiện đại và hội nhập.
Đối với nhiệm vụ thúc đẩy phát triển nguồn cầu của thị trường KH&CN, nâng cao năng lực hấp thụ, làm chủ và đổi mới công nghệ của doanh nghiệp, xây dựng cơ sở dữ liệu về nguồn cầu công nghệ và xuất bản báo cáo phân tích nhu cầu công nghệ của một số ngành hàng xuất khẩu chủ lực cần đáp ứng các tiêu chí: Có kế hoạch xây dựng, khai thác cơ sở dữ liệu về nguồn cầu công nghệ rõ ràng, đảm bảo nguồn lực cho việc duy trì và cập nhật cơ sở dữ liệu thuộc phạm vi nhiệm vụ; Xác định được nhu cầu công nghệ cụ thể và hiệu quả kinh tế - kỹ thuật đối với một số ngành hàng xuất khẩu chủ lực.
Cùng với đó, thúc đẩy hợp tác doanh nghiệp - viện, trường theo hướng đặt hàng công nghệ hoặc hình thành dự án nghiên cứu, ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp KH&CN đáp ứng các tiêu chí: Có phối hợp giữa doanh nghiệp với viện nghiên cứu, trường đại học để thực hiện hoạt động KH&CN; Tổ chức, doanh nghiệp thực hiện đầu tư ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp KH&CN phải cam kết hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong ít nhất 02 năm đầu sau khi kết thúc nhiệm vụ.
Về nhiệm vụ thúc đẩy phát triển nguồn cung của thị trường KH&CN. Hỗ trợ thương mại hóa kết quả nghiên cứu, tài sản trí tuệ cần đáp ứng các tiêu chí: Kết quả nghiên cứu, tài sản trí tuệ đáp ứng nhu cầu phát triển công nghiệp phụ trợ, cơ giới hóa, chế biến sâu trong nông nghiệp, phục vụ yêu cầu phát triển vùng nông thôn, miền núi, hải đảo, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn; Tổ chức chủ trì phải chứng minh được khả năng huy động đủ nguồn tài chính ngoài ngân sách và sử dụng kết quả của nhiệm vụ.
Phát triển mạng lưới chuyên gia người Việt Nam ở nước ngoài, chuyên gia KH&CN nước ngoài tham gia hoạt động đổi mới sáng tạo và phát triển thị trường KH&CN Việt Nam cần đáp ứng các tiêu chí: Có khả năng cung cấp công cụ hỗ trợ tìm kiếm, tra cứu, lưu giữ thông tin, dữ liệu về các chuyên gia Việt Nam, các chuyên gia nước ngoài và các tổ chức, đơn vị đối tác tiềm năng có liên quan; Có khả năng cung cấp các công cụ kết nối và nâng cao khả năng tiếp cận của cộng đồng các nhà khoa học, chuyên gia, nghiên cứu sinh, du học sinh, doanh nhân Việt Nam trên thế giới tới Cổng thông tin quốc gia về thị trường KH&CN.
Liên quan đến nhiệm vụ phát triển các tổ chức trung gian của thị trường KH&CN: Ưu tiên tổ chức cung cấp dịch vụ kết nối hỗ trợ bên khác trong giao dịch liên quan đến công nghệ, bao gồm: dịch vụ hỗ trợ nghiên cứu và phát triển, thương mại hóa công nghệ; dịch vụ sở hữu trí tuệ, tiêu chuẩn, đo lường, chất lượng; tư vấn đầu tư, xúc tiến thương mại, hỗ trợ khởi nghiệp, ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp; tổ chức hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa; liên minh hợp tác xã; hiệp hội ngành nghề.
Phát triển thị trường KH&CN nhằm thúc đẩy giao dịch hàng hóa KH&CN theo quy luật của thị trường có sự định hướng, điều tiết và hỗ trợ của Nhà nước.
Về tổ chức thực hiện hoạt động quản lý chung thuộc Chương trình theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước. Theo dự thảo, Bộ KH&CN chỉ đạo, điều hành tổ chức thực hiện Chương trình theo phân công của Thủ tướng Chính phủ tại Quyết định số 1158/QĐ-TTg ngày 13 tháng 7 năm 2021 của Thủ tướng Chính phủ ban hành Chương trình phát triển thị trường KH&CN quốc gia đến năm 2030.
Hướng dẫn xác định, tuyển chọn, giao trực tiếp và thẩm định kinh phí nhiệm vụ; phê duyệt danh mục nhiệm vụ; phê duyệt nội dung, kinh phí, tổ chức chủ trì và chủ nhiệm nhiệm vụ; ký hợp đồng thực hiện nhiệm vụ; tổ chức kiểm tra, giám sát tình hình thực hiện nhiệm vụ; điều chỉnh và chấm dứt hợp đồng thực hiện nhiệm vụ; phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu mua sắm máy móc, thiết bị, hàng hóa, nguyên vật liệu và dịch vụ bằng kinh phí từ ngân sách nhà nước của các nhiệm vụ; tổ chức đánh giá, nghiệm thu, công nhận kết quả và thanh lý hợp đồng thực hiện nhiệm vụ thuộc Chương trình…
Ban Chủ nhiệm Chương trình do Bộ trưởng Bộ KH&CN thành lập. Ban Chủ nhiệm gồm 9 đến 11 thành viên, trong đó có Chủ nhiệm, Phó Chủ nhiệm, 01 Ủy viên kiêm thư ký khoa học và các ủy viên khác do Bộ trưởng Bộ KH&CN bổ nhiệm.